両親の無理心中により一人残され、死んだ父の愛人に憎しみを向ける少女・観幸は、組織の組長を殺して逃げてきた男・葉山田と出会う。

観幸は、幼い頃に両親を失い殺し屋になった葉山田に、自分に似た深い喪失感を感じる。もがき苦しみながらも二人はやがて、互いに触発し合うように立ち直っていく。

そんな時、葉山田を狙って凄腕の殺し屋・丸山と、若いチンピラ・種田がさし向けられる。丸山は、かつて葉山田が父のように慕っていた育ての親であった。そして、対決の時。葉山田、丸山、種田、そして観幸……それぞれの決断は《赤い拳銃》だけが知っている。